Если при запуске Kohana бормочет что-то невнятное на тему «не могу писать в эксепшен так как класса нет» – надо выключить ей модный вывод ошибок, пусть кидает ошибки через голый HTML:

-bash-4.1$ vim ./kohana/core.php
public static $errors = false;


После этого станет понятно что в конфигурации ей не нравится. Например, сюрприз, права на папки.